Entre las amenazas más recurrentes están las relacionadas con la gestión del agua, destacando en primer lugar los casos de contaminación del agua, que afecta a un 70% de los humedales analizados. En el último año, los humedales más importantes para las aves acuáticas, Doñana, Delta de l’Ebre y L’Albufera de Valencia, no han recibido la atención requerida.